Što se tiče primjene, magnetske kuglice mogu se koristiti za intelektualni razvoj djece, pomažući im u razumijevanju geometrijskih oblika i prostornih struktura; mogu ih koristiti i odrasli za ublažavanje stresa, omogućujući im da se opuste igrajući se s magnetskim kuglicama; osim toga, magnetske kuglice se koriste u znanstvenim eksperimentima za demonstraciju osnovnih principa magnetskih polja i sila.
Kada koristite magnetske kuglice, treba imati na umu sljedeće: Prvo, budući da magnetske kuglice imaju snažan magnetizam, izbjegavajte ih stavljati blizu elektroničkih uređaja kako biste spriječili smetnje u njihovom normalnom radu; drugo, magnetske kuglice nisu prikladne za malu djecu jer slučajno gutanje može uzrokovati ozbiljne zdravstvene probleme; konačno, izbjegavajte dugotrajno izlaganje magnetskih kuglica visokim temperaturama jer to može utjecati na njihov magnetizam.